由于池的作用主要是發酵、沉卵、截留沉渣及浮渣，但其厭氧發酵無法達到充分殺滅病原菌和寄生蟲卵的要求，所以有必要設置第二池，以補充池的不足，使糞液經過第二池處理后，流出的糞水能達到糞便無害化的基本要求。為此，要在第二池創造一個更好的厭氧發酵和沉卵環境。
 

　　由于第二池不像池那樣受到進糞時的強烈擾動，而只是受到經連通管從池流過來的糞液輕輕沖擊，只要第二池同樣建造得密封嚴密，便可使第二池有個較寧靜的厭氧環境。由池流人第二池的糞液，在相對寧靜的厭氧環境下能進一步發酵，蟲卵比池更快地沉入池底。同時，經第二池深度厭氧發酵后，游離氨濃度上升，殺菌能力提高；另外，為細菌提供隱蔽的糞皮和糞渣顯著減少，而糞液中的有機物含量仍舊很高，雜菌之間的拮抗作用仍舊存在，從而使有機代謝產物對病原菌及病毒能進一步發揮“殺滅作用”。故相比之下，第二池的滅菌效果和沉卵效果要稍高于池，按其生物學作用，池以發酵和沉卵為主，第二池以滅菌為主。
 

　　在設計上，應充分防止糞塊、糞皮和糞渣流人第二池，由于主要發酵量已在池內完成。因此在第二池內糞液的平均停留時間相對可以短一些，也就是說，池的容積可以稍小于池。但在具體設計時，要為水沖式戶廁在池內進行糞便發酵時，易能形成較厚的糞皮創造條件，同時又要為施工時便于作業，所以采取不縮小池容積，相應擴大第二池容積，不改變二池總的發酵停留時間的辦法來實現。